Moldova var kendt i den tidlige historie som Bessarabia. På grund af sin centrale placering fungerede Moldova som en passage mellem Asien og Sydeuropa i mange år. Det blev også stedet for mange krige, og landet skiftede hænder mellem imperier mange gange gennem hele sin historie. Forskellige angribere omfattede grækerne, romerne, hunerne, bulgarerne og mongolerne.
I en kort periode i det 14. århundrede opstod et uafhængigt Moldova under den moldoviske helt Stefan den Store. Imidlertid erobrede det osmanniske imperium i det 16. århundrede området.
Som et resultat af den russisk-tyrkiske krig blev Moldova delt op med den østlige halvdel til russisk og den vestlige halvdel tilbage med Tyrkiet. Rumænien overtog kontrollen med den russiske halvdel i 1918.
Under Anden Verdenskrig sluttede Rumænien sig til den tyske side i et forsøg på at angribe Sovjetunionen. De krydsede grænsen i Bessarabia og deporterede jøderne. Få af de 185.000 jøder overlevede, indtil russerne genbesatte området i 1944.
Da Sovjetunionen kollapsede i 1990, erklærede Moldova sin uafhængighed. Dens bevægelse mod demokrati og en markedsøkonomi har ikke været let.
Moldova har en række etniske grupper inden for landet, herunder rumænsk, ukrainsk, russisk og bulgarsk. Det officielle sprog er moldovisk, hvilket er det samme som rumænsk, men russisk, ukrainsk og gagauz tales også af mange af dets beboere.