Ecuador var længe beboet af lokale stammer i tusinder af år, da Inca Empire ankom. De kæmpede af inkaerne i nogle år, men til sidst overtog Inka-imperiet kontrollen over området i 1400'erne. Et århundrede senere i 1534 ankom spanske erobrere. De besejrede inkaerne og overtog kontrollen med landet. I mange år var området en del af det spanske imperium. De indfødte led meget af sygdomme forårsaget af europæerne og blev ofte tvunget til at arbejde for de spanske kolonister. Byen Quito var en storby i tiden og er i dag identificeret som et verdens kulturarvsted.
I 1822 fik området uafhængighed fra Spanien, da Simon Bolivar og hans hære besejrede spanierne. Først var landet en del af den større gruppe lande kaldet Gran Columbia, men i 1830 blev Ecuador et separat uafhængigt land.
Ecuador og Peru har længe haft kampe og tvister over deres grænser. Dette varede indtil 1999, hvor der blev opnået enighed om de nuværende grænser. Ecuador gennemgik en periode med intern uro i 1970'erne, da landet var under direkte militærstyre.